Undervisningen på Vor Frue Skole har hovedvægten lagt på de boglige fag. Der undervises naturligvis også i de kreative og musiske fag, men skolen ser det som en væsentlig opgave at give eleverne en stor faglig viden. Der er én temauge om året, resten af undervisningen følger det normale skema.
Der gives lektier for på alle klassetrin.
I religionsundervisningen deles eleverne, så katolikkerne kan få katolsk religionsundervisning.